Le PRES Sorbonne Paris Cité réunit les universités Paris-Descartes (Paris-V), Paris-Diderot (Paris-VII) et Sorbonne-Nouvelle (Paris-III), ainsi que Sciences Po Paris, l’Inalco, l’EHESP et l’IPGP en tant que membres fondateurs. L’université Paris-XIII Nord est quant à elle membre associé. Le CA a également désigné les membres du conseil d’orientation scientifique et pédagogique présidé par François Héran, ancien directeur de l’Ined.

S’agissant de l’équipe de direction du PRES, Stéphane Le Bouler est nommé directeur de cabinet de Jean-François Girard. Il est ancien élève de l’ENS Fontenay-Saint-Cloud et était jusqu’à présent chef de la mission recherche du ministère de la Santé. En outre, Guillaume Houzel, ancien président de l’OVE et jusqu’à présent membre du cabinet du maire de Paris, est nommé directeur du développement. Le PRES précise que Stéphane Le Bouler sera chargé de la mise en place de l’EPCS et Guillaume Houzel « conduira la mise en oeuvre des premiers projets du PRES ». L’agent comptable de l’université Paris-Diderot, Jean-Gilles Hoarau, sera l’agent comptable du PRES. Enfin, Brigitte Vogler était déjà nommée par les membres du PRES chargée de mission à la culture et à l’information scientifique et technique. « L’équipe opérationnelle du PRES a vocation à être renforcée rapidement », précise encore le PRES.

Le conseil d’administration confirme ou crée plusieurs groupes de travail, « avec le concours de représentants des établissements membres, pour le succès des projets tels que les réponses aux appels d’offres liés au grand emprunt [le PRES prévoyant d'être candidat à l'appel d'offres « campus d'excellence »], la mise en oeuvre des opérations financées dans le cadre du plan campus, les innovations pédagogiques et scientifiques envisagées au sein du PRES ».